L’église Saint-Vardan est située proche de l’église de la Mère-de-Dieu sous les remparts de de la citadelle de Van. Elle aurait été construite au XVe siècle pour abriter les reliques de Saint-Vardan. C’est une église en croix inscrite d’une construction assez rustique. L’abside est flanquée de deux chambres latérales dont il ne subsiste que les arcs. Le mur ouest est totalement effondré, ainsi que la coupole qui reposait sur des piliers impostes. Ce monument a connu plusieurs restaurations notamment au cours du XVIIe siècle. Elle était probablement précédée d’un narthex qui a aujourd’hui disparu. A l’intérieur, il subsiste des traces de fresques et l’on suppose que cette église devait être entièrement peinte.